Die Weinbaugeschichte der Zähringerfamilie in Heitersheim begann am 31. Oktober 1844. Damals kaufte der Weissgerber Michael Zähringer für seinen Sohn, den Färbergesellen Josef Zähringer und dessen Bruder Wilhelm I, ein Anwesen in Heitersheim. Zum Grundstück gehörte außer der Färbereinrichtung auch ein Weinkeller mit Trotte. Der Kauf des Anwesens war der Gründungstag eines Familienunternehmens, dessen Weine weit über Südbaden hinaus hohe Anerkennung genießen. Zähringerweine findet man heute in ganz Deutschland, in allen Bereichen vom Privathaushalt bis zur Top-Gastronomie.

1906 übernahm der älteste Sohn Wilhelm II. und seine Frau Karolina Weinkellerei und Reben. Er verlegte den Betrieb in die Johanniterstraße 61, wo sich auch heute noch der Firmensitz befindet. Danach wurde der Betrieb von Sohn Wilhelm III. und Ehefrau Blanka geführt. Erster Weltkrieg und die Weltwirtschaftskrise wurden überstanden.

Nach dem 2. Weltkrieg führte Hubert Zähringer (4. Generation der Winzerfamilie) mit Unterstützung seiner Frau Herta Zähringer die Geschäfte. Hubert expandierte und konnte zu Beginn der 60er Jahre die Kapazitäten auf eine Lagerung von 1.000.000 Liter Wein vergrößern. Den Aufbauarbeiten von Hubert Zähringer verdankt das Unternehmen einen grossen Aufschwung. Neben dem Weingut baute er eine Erzeugergemeinschaft mit zeitweise über 100 Markgräfler Winzern auf. Sein Bruder Lothar gründete nach dem Krieg eine Zweigniederlassung in Hannover, die er mit Unterstützung von Ehefrau Herta bis zum Jahr 1971 mit großem Erfolg führte.

1971 übernahm Wolfgang Zähringer (5. Generation) die Geschäftsführung des elterlichen Weingutes. Zuvor studierte er Volkswirtschaftslehre in Freiburg, Betriebswirtschaftslehre in Würzburg und vervollständigte sein fachspezifisches Wissen an der Weinbauschule in Geisenheim.

Nach einem zwischenzeitlichen Verkauf des Weinguts an Martini & Rossi, stieg Wolfgang Zähringer im Jahr 1986 wieder in den Betrieb ein. Er setzte eine rigorose Qualitätsoffensive durch und konnte Betriebsleiter Paulin Köpfer für die Ideen des biologischen Weinbaus gewinnen. Was Weinbauexperten damals undenkbar erschien, sichert dem Unternehmen heute eine lange Erfahrung in Anbau und Vermarktung von Bioweinen und damit auch eine Spitzenstellung unter den deutschen Bioweinerzeugern. Auch die Entscheidung, ausgewählte Weine in den Vierlig-Fässern seiner Vorfahren und in französischen Barriquefässern auszubauen, machte Wolfgang Zähringer zu einem Vorreiter in Baden. Im Jahre 1987 haben Wolfgang Zähringer und Betriebsleiter Paulin Köpfer die Umstellung auf Biologischen Weinbau begonnen. Was Weinbauexperten damals undenkbar erschien, sichert dem Unternehmen heute eine lange Erfahrung in Anbau und Vermarktung von Bioweinen und damit auch eine Spitzenstellung unter den deutschen Bioweinerzeugern.

Seit 2010 ist mit Fabian Zähringer die sechste Zähringer-Generation im Weingut aktiv. Fabian Zähringer gründete im August 2010 haben an der Josefstrasse im Züricher Kreis 5 das Weinhaus Zähringer Zürich. Neben den Zähringer-Weinen führte das Weinhaus Bioweine von befreundeten Biowinzern aus ganz Europa. 2016 wurde das Ladengeschäft geschlossen und das Weinhaus Zähringer hat sich auf den Grosshandel spezialisiert.

2010 Erhält das Weingut Zähringer außerdem die Anerkennung von DEMETER für die Weiterentwicklung des biologischen Wirtschaftens mit Hilfe von biologisch-dynamischen Anbaumethoden.